Începând cu 1 ianuarie 2010, acordarea ajutorului de stat autorizat de Comisia Europeană  privind „plăţile Natura 2000”, este condiţionat de emiterea unui act normativ naţional.


Astfel cum este reglementat de legiuitor, art. 6 din H.G. nr. 861/2009 nu acordă de plano, odată cu primirea deciziei favorabile a Comisiei Europene, măsurile de sprijin.
Fiind ulterioară H.G. nr. 861/2009 şi cu forţă juridică superioară, O.G. nr. 14/2010 prevede în art. 6 că ajutoarele de stat, printre care şi cel privind „plăţile Natura 2000” (art. 4 lit. s pct. 4), şi suma alocată fiecăreia dintre aceste forme de ajutor de stat reglementate de Ordonanţă, se aprobă anual prin hotărâre a Guvernului care va fi comunicată Comisiei Europene prin Raportul anual, în conformitate cu art. 6 din Regulamentul CE nr. 794/2004.
Aceasta este şi raţiunea pentru care, în chiar cuprinsul Deciziei Comisiei Europene  prin  care nu s-au formulat obiecţiuni la schema de ajutor de stat, s-a stabilit că schema va intra în vigoare după ce va fi aprobată de Comisie şi publicată în Monitorul Oficial  al României.
Împrejurarea că schema de ajutor sub forma proiectului de hotărâre de Guvern, nu a fost publicată în Monitorul Oficial al României, face ca ajutorul de stat privind plăţi Natura 2000 să nu poată fi acordat, nefiind îndeplinite condiţiile prevăzute de lege şi de decizia Comisiei Europene.
În acest sens este şi jurisprudenţa Curţii de Justiţie a Uniunii Europene care, în cauza C-18/08 Foselev Sud-Quest SARL contra Administration des douanes et droits indirects, verificând dacă Decizia CE 2005/449 al cărei destinatar este Republica Franceză şi prin care Comisia a autorizat scutirea de taxa pe osie, impune Republicii Franceze o obligaţie necondiţionată şi suficient de clară şi de precisă, s-a stabilit că, „în pofida intervenţiei Comisiei, statele membre dispun de o largă putere de apreciere atât în ceea ce priveşte decizia de a utiliza această posibilitate, cât şi în ceea ce priveşte cuprinsul măsurii avute în vedere, fără ca, din aprobarea acestei măsuri de către Comisie, să poată decurge vreo obligaţie de a utiliza respectiva posibilitate”. De asemenea, s-a mai stabilit că decizia adresată Republicii Franceze a intrat în vigoare de la notificarea acesteia către destinatar, în speţă Republica Franceză şi că un astfel de efect constă în a face posibilă o scutire, încă inexistentă în speţă şi care necesită un act naţional pentru punerea sa în aplicare, iar nu a impune o astfel de scutire ( pct. 15 şi 19 din decizia  Curţii de Justiţie a Uniunii Europene menţionată). În consecinţă, Curtea a statuat că decizia dată de Comisia Europeană nu poate fi invocată de un particular în raporturile cu Republica Franceză, destinatară a acestei decizii, în scopul de a beneficia de scutirea autorizată prin decizia menţionată începând de la momentul notificării sau al publicării acesteia.